14.marca 1939 bol vyhlásený samostatný Slovenský štát. Čechy, Morava a Sliezko sa stali Protektorátom Nemeckej ríše. Od 23. júla 1939 sa Slovenský štát nazýval Slovenská republika. Navonok síce Prvá Slovenská republika mala znaky suverénneho štátu, avšak jej zvrchovanosť bola od počiatku ohraničená závislosťou od Nemecka. Ľudová škola v Námestove fungovala bez zmien. Vznik Slovenskej republiky neovplyvnil zmeny v školstve. Ale začiatok školského roka 1939/1940 žiaľ nebol nežný. Budovu školy zabralo nemecké vojsko, ktoré sa chystalo na útok proti Poľsku. V Námestove sa zoskupovali nemecké jednotky, ktoré mali ísť smerom na Bobrov a Dolnú Lipnicu.
Školský rok začal až 13. septembra 1939, keď Nemci opustili budovu školy. Nastali problémy vo výučbe, lebo po všeobecnej mobilizácii musel odísť jeden učiteľ na vojnu a jedna učiteľka sa práce vzdala. Na päťtriednej ľudovej škole pre 209 žiakov ostali len traja učitelia. Začalo sa vyučovať striedavo s dvojitou frekvenciou. Až 24. októbra 1939 nastúpil nový učiteľ. Chýbala síce ešte jedna sila, ale vyučovanie sa ustálilo pre 1. – 4. triedu a 5. trieda sa rozdelila jednotlivým učiteľom, ktorí v nej suplovali. Vyučovanie v priebehu školského roka 1939/1940 bolo stále prerušované. Pre chrípku, pre nedostatok uhlia, pre prasknuté potrubie. Zároveň stále chýbal jeden učiteľ. Preto na návrh inšpektora v marci 1940 spojili 4. a 5. ročník do jednej triedy. Počet žiakov v nej bol 75. Zmena v školstve nastala, keď nám Poliaci vrátili obce, zabrané Slovensku v roku 1938. V Trstenej sa vytvoril nový školský inšpektorát, pod ktorý spadala aj Ľudová škola v Námestove.
24. septembra 1940 prišiel výnos, podľa ktorého museli byť zo školy vylúčené židovské deti. Židovskí žiaci mohli navštevovať židovskú školu v Trstenej alebo mohli byť súkromne vyučovaní. Toto však nebolo možné uskutočniť pre deportácie do koncentračných táborov.
K posledným organizačným zmenám vo vývoji ľudovej školy došlo od 1. septembra 1941. Na základe rozhodnutia Snemu Slovenskej republiky sa pretvorila na rímsko-katolícku ľudovú školu, čím došlo aj k prenosu vecného nákladu na obec Námestovo. V zime ľudová škola robila stravovanie pre 20 najchudobnejších detí. Vyučovanie v škole pokračovalo bez väčších zmien. V škole sa usporiadavali slávnosti pri 4. výročí slovenského štátu, menín vtedajšieho prezidenta Jozefa Tisu, vianočné slávnosti, slávnosti dni matiek. Veľmi významnou a chválihodnou činnosťou učiteľov ľudovej školy bolo nacvičenie divadelnej hry – Pohádka zimného večera. Hrali ju deti 14. marca 1944 v Kultúrnom dome v Námestove a zožali veľký úspech.
Školský rok 1944/1945 začal oneskorene 23. októbra 1944 pre povstalecké udalosti a vyučovanie trvalo iba do 7. novembra 1944, keď budovu školy obsadilo nemecké vojsko. Koncom novembra vyučovanie pokračovalo provizórnym spôsobom. Učiť začal farár v kostole náboženstvo. Pod tlakom rodičov, začali aj učitelia učiť v priestoroch kostola a to striedavo. Tak sa učilo až do polovice januára, kedy pre prítomnosť frontovej línie bolo vyučovanie opätovne prerušené do mája 1945. Frontové udalosti spojené s oslobodením Námestova mali na školu veľmi ťažký dopad — 13 žiakov ľudovej školy tragicky zahynulo počas posledných bojov o Námestovo. Budova školy bola zdevastovaná pobytom vojska, delostreleckými zásahmi i drancovaním po prechode frontu.